Действие Scarlet Nexus развернется в футуристическом городе Нью Химука. Согласно сюжетной завязке, ученые обнаруживают в человеческом мозгу псионический гормон, открывающий экстрасенсорные способности. В результате этой находки мир меняется, а люди сталкиваются с новой угрозой - спускающимися с небес кровожадными монстрами, которых называют "Другими". "Другие" охотятся на людей, а интересуют их как раз непосредственно мозги. Правительство собирает армию из научившихся управлять своими экстрасенсорными способностями воинов и пытается дать монстрам отпор.

Среди находящихся на передовой - главный герой Юито Сумераги, обладающий психокинетическими силами. Разработчики обещают "мощную футуристическую эстетику" и "глубокую боевую систему, в которой сочетаются быстрый экшен и необходимость стратегического планирования". Различные элементы окружения будут полностью разрушаемыми. За сюжет отвечали авторы Tales of Vesperia.